有一天，在地球上突然出现了一个巨大的飞行物，好像要征服地球似的。在世界中敢出来挑战此巨大飞行物的军队等皆被击败了，但只要不去招惹它们皆平安无事。不明飞行物，包括飞行物内的机器人在小镇中悠闲的飞来飞去。

白郎国被幼狮军摧毁，幼狮军继续侵略世界各地。就在白郎国覆灭前夕，一些忍者带着年轻的公主逃离。十多年过去了，为了晋升考试，樱和她的朋友们一直在秘密训练，准备击败幼狮军。她们试图从白郎城盗取一份卷轴。与此

1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。